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后天免疫缺乏綜合癥患者所遭遇嚴重的病理呈現(xiàn)，主要源自于人類免疫缺乏病毒的感染。此病毒屬于一種反轉錄病毒，主要針對人類免疫系統(tǒng)重要的組成進行感染并改變其運作模式，包括輔助型T細胞、巨噬細胞、和樹突細胞（dendritic cell）等，其中又以直接破壞細胞膜上具有CD4辨識蛋白特征的T細胞（簡寫作CD4+T細胞）的結果最為嚴重，因為CD4+ T細胞是人體免疫系統(tǒng)辨識外來物質過程中，不可或缺的元素之一，一旦CD4+T細胞受到感染而不表現(xiàn)CD4辨識蛋白，或甚至造成此種細胞死亡，導致每微升血液中CD4+T細胞數(shù)量低于200時，細胞免疫（cellular immunity）就幾乎完全失去功能，進而導致平時不易感染健康人類的微生物得以大肆入侵，由于受艾滋病病毒感染個體無法有效分辨敵我，最后導致嚴重的各種感染癥，總稱后天免疫缺乏綜合癥, 即通常說的艾滋病。

根據流行病學統(tǒng)計，在未使用抗反轉錄病毒藥物治療的情況下，自感染病毒至出現(xiàn)癥狀的潛伏過程的中位數(shù)約為9至10年，自正式出現(xiàn)后天免疫缺乏綜合癥起算，存活時間的中位數(shù)亦僅有9.2個月. 然而，臨床觀察到的疾病進程速度受到許多因素影響，在個體之間有很大的變異，短則兩周、長可達20年。一般年長者免疫力較差，因此相對于年輕患者而言，病程發(fā)展迅速的風險較高；醫(yī)療的品質和同時存在的感染癥（如結核）也會使得艾滋病病毒感染者處于較為不利的狀態(tài); 遺傳也左右了感染過程和感染后的狀況，有些人因帶有編號為CCR5-Δ32的突變基因，對特定的艾滋病病毒病毒株具有抵抗力。此外，由于艾滋病病毒病毒本身在演化過程中亦會產生變異，不同品系也可引起不同程度的臨床表現(xiàn)。

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