傷寒桿菌由口入胃，如未被胃酸殺死則進入小腸，經(jīng)腸黏膜侵入集合淋巴結(jié)、孤立淋巴濾泡及腸系膜淋巴結(jié)中繁殖，再經(jīng)門靜脈或胸導(dǎo)管進入血流，形成第一次菌血癥。如機體免疫力弱，則細菌隨血流擴散至骨髓、肝、脾及淋巴結(jié)等組織大量繁殖，至潛伏期末再次大量侵入血流，形成第二次菌血癥，開始出現(xiàn)發(fā)熱、皮疹及肝脾腫大等臨床表現(xiàn)。同時細菌可隨血液循環(huán)擴散至全身各器官及組織引起病變，如急性化膿性骨髓炎、腎膿腫、腦膜炎、急性膽囊炎、心包炎等。細菌可經(jīng)膽道進入腸道隨糞便排出，或經(jīng)腎臟隨尿液排出。

傷寒的持續(xù)性發(fā)熱是由于傷寒桿菌及其內(nèi)毒素所致。病程第2～3周，經(jīng)膽道進入腸道的傷寒桿菌，部分再度侵入腸壁淋巴組織，在原已致敏的腸壁淋巴組織中產(chǎn)生嚴重的炎癥反應(yīng)，引起腫脹、壞死、潰瘍等。若病變波及血管則可引起出血，若潰瘍深達漿膜則致腸穿孔。病程第4～5周，人體免疫力增強，傷寒桿菌從體內(nèi)逐漸清除，組織修復(fù)而痊愈，但約3%可成為慢性帶菌者，少數(shù)患者由于免疫功能不足等原因引起復(fù)發(fā)。