胃蛋白酶（英文名稱：Pepsin）是一種消化性蛋白酶，由胃部中的胃粘膜主細胞（gastric chief cell）所分泌，功能是將食物中的蛋白質分解為小的肽片段。

胃蛋白酶測定可用于鑒別神經性低酸癥，當過少或缺乏時，前者胃蛋白酶的含量有時正常而后者鹽酸與胃蛋白酶同時缺乏。一般認為胃性低酸癥是由于胃粘膜的重癥器質性變化所致，特別是對于惡性貧血、無酸癥、無胃蛋白酶分泌是診斷上的重要所見。慢性胃炎、慢性胃擴張、慢性十二脂腸炎等胃蛋白酶的分泌常減少。一般胃酸基礎分泌高的疾患，如等，胃蛋白酶活性增高。1836年，（Theodor Schwann）在對消化過程進行的研究中，發(fā)現了一種能夠參與消化作用的，并將其命名為胃蛋白酶。胃蛋白酶也是第一個從動物身上獲得的酶。

胃中惟一的一種蛋白水解酶。其最適pH值為1～2。胃蛋白酶作用的主要部位是芳香族氨基酸或酸性氨基酸的氨基所組成的肽鍵。此酶由胃腺的主細胞合成，以酶原顆粒形式分泌，經胃液中鹽酸激活后，具有消化蛋白質的能力。藥用胃蛋白酶，可以從豬胃中提取，用于消化不良禁用此藥。