（1）單純性胎糞便秘或稱胎糞塞。胎糞特別稠厚聚集在直腸內(nèi)。直腸指檢的刺激多能發(fā)動(dòng)排便反射，用鹽水灌腸能清除胎糞，以后即不會(huì)再有便秘。

（2）先天性腸閉鎖：新生兒回腸或結(jié)腸閉鎖表現(xiàn)為低位腸梗阻，直腸指檢僅見(jiàn)少量灰綠色分泌物，用鹽水灌腸也不能排出大量胎糞。

（3）新生兒腹膜炎：新生兒可因敗血癥、臍部感染或其他原因而發(fā)生腹膜炎。此時(shí)患兒有腹脹、嘔吐、大便少或腹瀉等癥狀，與新生兒HD發(fā)生小腸結(jié)腸炎的病例極為相似，鑒別診斷有時(shí)困難。

（4）新生兒壞死性小腸結(jié)腸炎：與HD伴發(fā)小腸結(jié)腸炎很難鑒別，但此病多是早產(chǎn)兒，出生后曾有窒息、缺氧、休克的病史，且有便血，X線平片腸壁有氣囊腫或（和）門靜脈積氣。