新生兒腸旋轉(zhuǎn)不良的鑒別診斷，主要是先天性十二指腸閉鎖、狹窄和環(huán)狀胰腺，嘔吐均帶膽汁，在X線直立位平片上可見到2個高位液平面，而下腹無氣者，可能為十二指腸閉鎖，下腹有少量氣體者則可能是環(huán)狀胰腺或十二指腸狹窄或腸旋轉(zhuǎn)不良，鋇劑灌腸對確診此病更有價值。

較大嬰兒和兒童的腸旋轉(zhuǎn)不良應(yīng)與其他原因引起之十二指腸不完全性或間歇性梗阻相鑒別，如環(huán)狀胰腺、十二指腸隔膜、腸系膜上動脈綜合征等，鋇餐和鋇劑灌腸X線檢查可提供很大幫助，若不能完全確診，也應(yīng)盡早剖腹探查。