為了提高觀察效果，被觀察的對象也要進(jìn)行處理。開始，微生物學(xué)家在用光學(xué)顯微鏡觀察細(xì)菌的時候，由于懸浮在液體中的細(xì)胞既微小又透明，觀察起來非常困難。后來發(fā)現(xiàn)細(xì)胞可以用染料染色，而且不同的細(xì)胞結(jié)構(gòu)對不同染料有特異的反應(yīng)，甚至不同種類微生物對同種染料的著色情況也不同醫(yī)`學(xué)教育網(wǎng)搜集整理。

　　最著名的例子是丹麥科學(xué)家革蘭（Chriatian，Gram）在1884年發(fā)明的一項重要的觀察細(xì)菌的方法。這個方法是把細(xì)菌涂在載玻片上在酒精燈上烘干，用結(jié)晶紫染色，再用碘液處理，然后用酒精浸洗，看細(xì)胞是否能保留染料。結(jié)果發(fā)現(xiàn)有些細(xì)菌能保持紫色，另一些卻褪色。這種現(xiàn)在仍然在廣泛使用的革蘭氏染色反應(yīng)對于細(xì)菌的鑒定具有很高的價值，而且后來發(fā)現(xiàn)根據(jù)這個染色反應(yīng)區(qū)分的革蘭氏陽性細(xì)菌（能夠保留染料，故細(xì)菌呈紫色）和革蘭氏陰性細(xì)菌（不能保留染料而被番紅花紅染成紅色）在許多生理特性上有區(qū)別，例如革蘭氏陽性細(xì)菌對青霉素和磺胺類藥物特別敏感。現(xiàn)在知道這是因為兩類細(xì)菌的細(xì)胞壁有很大的差異。