淋球菌的基因探針診斷，所用的探針有：質(zhì)粒DNA探針，染色體基因探針和rRNA基因探針。

　　（1）質(zhì)粒DNA探針

　　①隱蔽質(zhì)粒DNA探針，淋球菌質(zhì)粒分為三種：接合性質(zhì)粒，分子最大，為36kbDNA；耐藥性質(zhì)粒包括兩個質(zhì)粒，DNA長分別為5.6kb和7.1kb；隱蔽質(zhì)粒4.2kb.其中隱蔽質(zhì)粒存在于96%的臨床淋球菌分離株中，其它奈瑟菌不含有此質(zhì)粒，故可用它的序列作為特異DNA探針檢測淋球菌。Torres采用核酸雜交技術(shù)檢測淋球菌，所用探針為隱蔽質(zhì)粒。用該探針對134株淋球菌和131株相關(guān)菌株的檢測，有124株淋球菌雜交反應(yīng)陽性，占93%，還可與個別其它的奈瑟菌出現(xiàn)交叉反應(yīng)，對測定探針的敏感性實驗表明可檢出102CFU淋球菌。研究證明隱蔽質(zhì)粒中CPPB基因序列在所有的淋球菌染色體中（包括不含該質(zhì)粒的菌株）。因此CPPB基因探針具有良好的特異性和敏感性。Torres等用CPPB基因探針檢測了201份臨床標(biāo)本，采用非放射性地高辛標(biāo)記系統(tǒng)，其敏感性和特異性分別為95%和98%.

　?、谀退幮再|(zhì)粒DNA探針

　　淋球菌的抗藥質(zhì)粒可分為：①產(chǎn)青毒素酶淋球菌（PPNG）其β-內(nèi)酰胺酶陽性；②具有高水平的質(zhì)粒介導(dǎo)的耐四環(huán)素淋球菌（TRNG）。

　　PPNG菌株是1976年首次在實驗室分離得到的，該菌中含有編碼產(chǎn)青毒酶的基因，該基因既可整合于染色體上也可出現(xiàn)在質(zhì)粒DNA中，而后者居多，稱之為產(chǎn)青毒素酶質(zhì)粒，質(zhì)粒有二種，大小分別為7.4kb和5.3kb.Pescador1998年設(shè)計一特異的檢測淋醫(yī)學(xué)教`育網(wǎng)搜集整理球菌編碼β-內(nèi)酰胺酶基因的探針，采用酶化學(xué)發(fā)光法標(biāo)記，液相雜交，用測光計測是特異雜交體的光量。在4h內(nèi)可檢測104～105CFU的PPNG菌株。TRNG菌株雖對四環(huán)素耐藥，但通常對β-內(nèi)酰胺酶類及喹諾酮類抗菌素敏感。因此，在實驗室藥敏檢測中可歸為敏感細(xì)菌。Pescador用抗四環(huán)素淋球菌（TRNG）tetm基因的寡核苷酸探針，該基因介導(dǎo)抗四環(huán)素，用酶化學(xué)發(fā)光標(biāo)記，液相雜交，4h內(nèi)可直接從臨床標(biāo)本中檢出含有tetm基因的1.5×104CFu的淋球菌。

　　（2）染色體探針

　　染色體探針包括已知功能的基因探針，如菌毛DNA探針和paI基因探針，這些基因在淋球菌感染人細(xì)胞的過程中起著重要作用；未知功能的基因探針，這些探針序列與染色體的特定序列互補，但目前還不知這些基因序列的功能。以上兩種染色體探針由于在淋球菌中互補序列的拷貝數(shù)較低，檢測靈敏度較低，因此一般用的不多，除非有特殊的研究目的。

　　（3）rRNA基因探針

　　rRNA基因探針是將與rRNA互補的DNA作為探針，該探針的靶序列是rRNA序列。rRNA的基因探針的特點是：①可以增加探針檢測的靈敏度，rRNA基因探針可同時檢測rRNA分子和DNA分子；②rRNA具有進(jìn)化上的保守性；③雜交方法簡便、快速；④由于rRNA的含量較高，標(biāo)本不需增菌。美國Gen-Probe公司生產(chǎn)的淋球菌檢測探針PACEC，是以rRNA及其基因為檢測靶序列，采用放射性標(biāo)記，在2h內(nèi)可以完成檢測，Peter用這種探針檢測395個臨床標(biāo)本，結(jié)果靈敏度和特異性分別為92.9%，99.4%，他認(rèn)為PACEC系統(tǒng)篩查臨床標(biāo)本中淋球菌是一個可靠的方法。該探針還可以檢測無癥狀淋球菌感染者，這是目前培養(yǎng)難于達(dá)到的。