病理變化主要表現(xiàn)為，呼吸道纖毛上皮細胞呈簇狀脫落、上皮細胞的化生、固有層粘膜細胞的充血、水腫伴單核細胞浸潤等病理變化。致命的流感病毒性肺炎病例中，病理改變以出血、嚴重氣管支氣管炎癥和肺炎為主，其特點是支氣管和細支氣管細胞廣泛壞死，伴隨有纖毛上皮細胞脫落、纖維蛋白滲出、炎細胞浸潤、透明膜形成、肺泡和支氣管上皮細胞充血、間質(zhì)性水腫、單核細胞浸潤的病理改變。后期改變還包括彌漫性肺泡損害，淋巴性肺泡炎，化生性的上皮細胞再生，甚至是組織廣泛的纖維化。嚴重者會因為繼發(fā)細菌感染引起肺炎，多為彌漫性肺炎，也有局限性肺炎。流感病例外周血常規(guī)檢查一般白細胞總數(shù)不高或偏低，淋巴細胞相對升高，重癥患者多有白細胞總數(shù)及淋巴細胞下降；一般重癥患者胸部X線檢查可顯示單側或雙側肺炎，少數(shù)可伴有胸腔積液等。肺炎的程度與細胞介導的免疫反應有關，但免疫病理反應對疾病影響程度仍未清楚。流感死亡病例中常伴隨其他器官病變，尸體解剖發(fā)現(xiàn)，1/3以上病例出現(xiàn)腦組織彌漫性充血、水腫以及心肌細胞腫脹、間質(zhì)出血，淋巴細胞浸潤、壞死等炎癥反應。