HLA復(fù)合體具備某些有別于其它真核基因系統(tǒng)的特征。

1.單體型遺傳方式 HLA復(fù)合體是一組緊密連鎖的基因群。這些連鎖在一條染色體上的等位基因很少發(fā)生同源染色體間的交換，構(gòu)成一個(gè)單體型（haplotype）。在遺傳過(guò)程中，HLA單體型作為一個(gè)完整的遺傳單位由親代傳給子代。有必要區(qū)分HLA表型、基因型與單體型這三個(gè)概念。某一個(gè)體HLA抗原特異性型別稱為表型（phenotype）；HLA基因在體細(xì)胞兩條染色體上的組合稱為基因型（genotype）；HLA基因在同一條染色體上的組合稱為單體型（haplotype）。

2.多態(tài)性現(xiàn)象 多態(tài)性（polymorphism）是指在一隨機(jī)婚配的群體中，染色體同一基因座有兩種以上基因型，即可能編碼二種以上的產(chǎn)物。HLA復(fù)合體是迄今已知人體最復(fù)雜的基因復(fù)合體，有高度的多態(tài)性。HLA的多態(tài)性現(xiàn)象乃由于下列原因所致：①?gòu)?fù)等位基因（multiple alleles）：位于一對(duì)同源染色體上對(duì)應(yīng)位置的一對(duì)基因稱為等位基因（allele）；由于群體中的突變，同一座的基因系列稱為復(fù)等位基因。前已述及，HLA復(fù)合體的每一座均存在為數(shù)眾多的復(fù)等位基因，這是HLA高度多態(tài)性的最主要原因。由于各個(gè)座位基因是隨機(jī)組合的，故人群中的基因型可達(dá)108之多。②共顯性（codominance）；一對(duì)等位基因同為顯性稱為共顯性。HLA復(fù)合體中每一個(gè)等位基因均為共顯性，從而大大增加了人群中HLA表型的多樣性，達(dá)到107數(shù)量級(jí)。因此，除了同卵雙生外，無(wú)關(guān)個(gè)體間HLA型別全相同的可能性極小。

HLA的高度多態(tài)性顯示了遺傳背景的多樣性，這可能是高等動(dòng)物抵御不利環(huán)境因素的一種適應(yīng)性表現(xiàn)，從而維持種屬的生存與延續(xù)具有重要的生物意義，但也對(duì)組織移植過(guò)程中尋找配型合的供體帶來(lái)很大的困難。

3.連鎖不平衡 HLA復(fù)合體各等位基因均有其各自的基因頻率。基因頻率是指某一特定等位基因與該基因座中全部等位基因總和的比例。隨機(jī)婚配的群體中，在無(wú)新的突變和自然選擇的情況下，基因頻率可以代代維持不變醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)搜集整理，由于HLA復(fù)合體和各基因座是緊密連鎖的，若各座的等位基因隨機(jī)組合構(gòu)成單體型，則某一單體型型別的出現(xiàn)頻率應(yīng)等于該單體型各基因比其它基因能更多或更少地連鎖在起，從而出現(xiàn)連鎖不平衡（linkage disepuilibrium）。例如，在北歐白人中HLA-A1和HLA-B8頻率分別為0.17和0.11.若隨機(jī)組合，則單體型A1-B8的預(yù)期頻率為0.17×0.11=0.019.但實(shí)際所測(cè)行的A1-B8單體型頻率是0.088故A1-B8處于連鎖不平衡，實(shí)測(cè)頻率與預(yù)期頻率間的差值（△0.088-0.19=0.069）為連鎖不平衡參數(shù)。在HLA復(fù)合體中已發(fā)現(xiàn)有50對(duì)以上等位基因顯示連鎖不平衡。產(chǎn)生連鎖不平衡的機(jī)制尚不清楚。