由于歐洲百合分布非常廣泛，其各地形態(tài)差異很大，因此本種下曾設(shè)立很多亞種，不過現(xiàn)在大多數(shù)都被認(rèn)為是無效的。在《WorldChecklistofSelectedPlantFamilies》中，只有Liliummartagonvar.pilosiusculum被承認(rèn)為有效學(xué)名，而在GRIN數(shù)據(jù)庫中，共有5個變種被認(rèn)為是有效的（var.albiflorum、var.album、var.cattaniae、var.hirsutum、var.sanguineopurpureum）。下列是被廣泛承認(rèn)的變種：

Liliummartagonvar.album：花純白色，葉淡綠色，蜜腺綠色，株型較小，種子大多為白色。

Liliummartagonvar.cattaniae：花暗紅色，多毛，莖幾乎為黑色，株型大，株高達(dá)200厘米，分布于達(dá)爾馬提亞山區(qū)。

歐洲百合（原變種）Liliummartagonvar.martagon：花淡紫色，密布暗紫色斑點(diǎn)。

新疆百合Liliummartagonvar.pilosiusculum：花紫紅色，有斑點(diǎn)，莖細(xì)，苞片和花芽被長而卷的白色密絨毛，株型較小，株高45－90厘米，常見于山坡陰處、林下灌木叢中，生長在海拔200米－2500米的地區(qū)，分布于西伯利亞、蒙古和中國大陸的新疆北部，鱗莖可食用。