是中醫(yī)學(xué)理論綜合匯編、深化發(fā)展，臨床各科辨證體系豐富、提高階段。如明代樓英的《醫(yī)學(xué)綱目》和王肯堂的《證治準(zhǔn)繩》，清代吳謙等編著的《醫(yī)宗金鑒》和陳夢(mèng)雷主編的《古今圖書集成·醫(yī)部全錄》等。王清任著《醫(yī)林改錯(cuò)》，注重實(shí)證研究，糾正了古醫(yī)籍中關(guān)于解剖知識(shí)的某些錯(cuò)誤，肯定了“腦主思維”，發(fā)展了瘀血理論。溫病學(xué)說的形成和發(fā)展，標(biāo)志著中醫(yī)理論的創(chuàng)新與突破，吳有性著《溫疫論》，葉天士著《溫?zé)岵∑?，吳鞠通著《溫病條辨》等，在藥物學(xué)研究方面，李時(shí)珍著的《本草綱目》，總結(jié)了16世紀(jì)以前中國藥物學(xué)研究的成就。

而西方醫(yī)學(xué)隨著西羅馬帝國的滅亡，逐漸進(jìn)入了中世紀(jì)的千年黑暗，科學(xué)變成了神學(xué)的奴婢，牧師取代醫(yī)師。從13世紀(jì)開始，始漸復(fù)明，直到15世紀(jì)，沖破封建宗教藩籬，才得以迅速發(fā)展。維薩里開創(chuàng)現(xiàn)代解剖學(xué)，并創(chuàng)立解剖生理學(xué)；1731年意大利摩爾干尼創(chuàng)立了病理解剖學(xué)；1855年德國魏爾嘯創(chuàng)建了細(xì)胞病理學(xué)；與此同時(shí)西方科學(xué)方法論對(duì)醫(yī)學(xué)發(fā)展具有指導(dǎo)作用。以實(shí)驗(yàn)為主的實(shí)證方法（觀察實(shí)驗(yàn)和比較分析）、及對(duì)醫(yī)學(xué)研究中的“經(jīng)院哲學(xué)”的徹底決裂、依靠各門自然科學(xué)所提供的技術(shù)手段和方法，培養(yǎng)了醫(yī)學(xué)家們的科學(xué)意識(shí)，賦予了醫(yī)學(xué)的自然科學(xué)屬性，使其擺脫了思辯推理的玄想而成就了生物醫(yī)學(xué)模式下的實(shí)驗(yàn)科學(xué)。至此中醫(yī)學(xué)在實(shí)證醫(yī)學(xué)領(lǐng)域已無法于西醫(yī)同日而語。但中醫(yī)學(xué)相對(duì)于西醫(yī)學(xué)的優(yōu)勢是從宏觀入手，注重整體，強(qiáng)調(diào)局部與局部、局部與整體之間的聯(lián)系，重視辨證，主張“三因治宜”的個(gè)體化診療方略等。