隨著對艾滋病毒研究的不斷深入，人們在不同的靈長類動物身上分離到類似于HIV的猴免疫缺陷病毒，簡稱為SIV。SIV同HIV在基因大小和組成上基本相同，但是SIV在其自然宿主猴體內(nèi)并不引起任何疾病?？墒钱敯褟淖匀凰拗鲀?nèi)分離到的SIV接種到非自然宿主猴時，將會導致類似于人類的免疫缺陷綜合癥狀。例如將從佛羅里達長尾猴分離到的SIVsm接種到恒河猴時，經(jīng)過一段臨床潛伏期后，則產(chǎn)生類似艾滋病的臨床癥狀，如腹瀉、體重下降、CD4和CD8細胞比例失調(diào)等等。人們還發(fā)現(xiàn)在野生的非洲綠猴體內(nèi)分離到的病毒相互間的遺傳變異非常大，并且這一變異和不同種屬猴的進化關(guān)系相一致，提示猴免疫缺陷病毒已在猴體內(nèi)共同進化了相當長的時間。所有這些研究都提示人類的艾滋病毒可能是通過不同種屬間交叉?zhèn)鞑サ男问綇暮镱悅鞑サ饺恕?/p>

一直到了90年代初，高峰及漢（Hahn）等人在進行非洲邊遠地區(qū)HIV-2的流行研究中，為艾滋病毒的起源提供了較直接的線索，進而證明B型艾滋病毒起源于猴艾滋病毒。該研究的最重要的發(fā)現(xiàn)是從一名HIV-2健康攜帶者身上分離到一株同猴免疫缺陷病SIVsm和 SIVmac相類似的病毒（HIV-2/FO784）。在進化分析中，由于FO784同SIVsm/mac的高度同源性，它們相互間在進化樹上已不能被區(qū)分開，強烈地提示人類艾滋病毒起源于猴免疫缺陷病毒。這不但為后來的類似實驗所證實，同時大量的流行病學結(jié)果也支持這一結(jié)論。

首先，大約有 30%的野生佛羅里達長尾猴感染有SIVsm。大比例的野生猴攜帶有SIV，直接地證明了佛羅里達長尾猴為SIVsm的自然宿主。

第二，SIVsm和 HIV-2共同流行于非洲西部的幾個國家的同一地理區(qū)域內(nèi)。并且共同生活在西非的人和佛羅里達長尾猴有著密切的接觸，例如人們常獵取佛羅里達長尾猴作為寵物或食品。

第三，感染有SIVsm的佛羅里達長尾猴并不產(chǎn)生任何臨床癥狀，可是當把SIVsm接種到恒河猴時，則產(chǎn)生類似于人類的免疫缺陷綜合征。所有這一切說明SIVsm同佛羅里達長尾猴已形成一種共生關(guān)系，即佛羅里達長尾猴已成為SIVsm的自然宿主，并且已不再因為SIVsm的感染而產(chǎn)生任何臨床癥狀?？墒钱擲IVsm感染一個新的宿主時則引起在其自然宿主所沒有的臨床表現(xiàn)。同SIVsm感染恒河猴一樣，當SIVsm感染到新的宿主人時，則在感染者產(chǎn)生免疫缺陷綜合征。因此人類免疫缺陷綜合征實際上是一種動物傳染病，即一種在自然狀態(tài)下由動物傳染到人的疾病。

當然最完善的證明應(yīng)是獲得直接SIVsm從佛羅里達長尾猴傳播到人的大量流行病學和遺傳學證據(jù)。然而在得到這一資料是幾乎不可能的前提下，從人類分離到SIV類似病毒，為HIV起源于猴艾滋病毒提供了最有說服力的證據(jù)。HIV—2的D亞型和E亞型同其相應(yīng)的SIV密切相關(guān)，并且在進化分析中同相應(yīng)SIV形成同一組群，而不能將其同SIV區(qū)分開來。這說明至少D和E是通過二次獨立的從猴到人的傳播造成的。目前已發(fā)現(xiàn)至少5種不同的 HIV—2亞型，提示這種在不同種屬間的傳播對HIV—2來講可能至少發(fā)生了5次。不久前，在一次意外事件中，一名實驗人員由于沒有嚴格遵守實驗操作條例而感染了SIV。在隨后2年多的追蹤調(diào)查中，從該實驗人員體內(nèi)成功地檢測到病毒和相應(yīng)抗體，表明該實驗人員已被SIV所感染。該意外事件直接地證明了免疫缺陷病毒從猴類傳播到人類的可能性。

通過上述的研究，對HIV-2的起源有了比較明確的結(jié)論?？墒菍IV—l的起源問題曾一直是一個未解的迷。雖然說人們普遍認為HIV-l同HIV-2一樣起源于相類似的猴病毒，可是一直缺少明確的證據(jù)。盡管已在黑猩猩體內(nèi)成功地分離到一種類似于人類HIV-l的病毒（SIVcpz），可是二者之間的遺傳物質(zhì)差異很大。同HIV-2和SIVsm/mac的關(guān)系不一樣，在遺傳進化的分析中 HIV-l并不同任何SIVcpz形成密切相關(guān)的群。另外在自然狀態(tài)下，黑猩猩的感染率十分的低。到目前大約有幾百只黑猩猩已經(jīng)被篩選過，可發(fā)現(xiàn)僅有四只黑猩猩為血清學陽性。這遠低SIVsm的自然感染率。根據(jù)目前所有的資料，人們對HIV-l的起源存在著二種看法。一種看法認為人類的艾滋病毒起源于SIVcpz，只是到目前還沒有采集到同 HIV—l密切相關(guān)的 SIVcpz樣品。然而由于黑猩猩的自然感染率非常低，這種可能性不大。另外一種看法認為人類和黑猩猩的艾滋病毒享有共同的傳染源，然而，最新的實驗結(jié)果表明，人類艾滋病I型病毒事實上是起源于非洲的黑猩猩。通過對黑猩猩宿主線粒體的及其所感染的SIV病毒基因序列的分析，該研究證明生活在非洲的四類黑猩猩中，到目前為止僅有兩類被其相應(yīng)的SIV所感染。而當今所有流行的 HlV-l僅起源于其中一類生活在中西非國家的黑猩猩，同時2009年7月科學家發(fā)現(xiàn)艾滋病毒可使黑猩猩大量死亡。

艾滋病毒是如何在人群內(nèi)在近十幾年來以令人驚奇的速度傳播，目前人們還沒有明確的回答。但是由于經(jīng)濟的不斷發(fā)展、交通運輸?shù)陌l(fā)達而使人口流動性大幅度的增加、生活習慣的改變無疑在艾滋病的流行中起著重要的作用。