FCM通過(guò)對(duì)外周血細(xì)胞或骨髓細(xì)胞表面抗原和DNA的檢測(cè)分析，對(duì)各種血液病的診斷、預(yù)后判斷和治療起著舉足輕重的作用。

（1）白血病的診斷和治療：FCM采用各種抗血細(xì)胞表面分化抗原（CD）的單克隆抗體，借助于各種熒光染料（異硫氰基熒光素FITC，藻紅蛋白PE等）測(cè)定一個(gè)細(xì)胞的多種參數(shù)，以正確地判斷出該細(xì)胞的屬性。各種血細(xì)胞系統(tǒng)都具有其獨(dú)特的抗原，當(dāng)形態(tài)學(xué)檢查難以區(qū)別時(shí)，免疫表型參數(shù)對(duì)各種急性白血病的診斷和鑒別診斷有決定性作用。例如干細(xì)胞表達(dá)CD34，髓系表達(dá)CD13、CD14，B細(xì)胞系表達(dá)CD10、CD19、CD20等，T細(xì)胞系表達(dá)CD2、CD3、CD5、CD7，利用FCM可以測(cè)定出血細(xì)胞表達(dá)各種抗原的水平，協(xié)助臨床確診。

同其它腫瘤的治療一樣，測(cè)定DNA倍體和進(jìn)行細(xì)胞周期分析對(duì)指導(dǎo)白血病化療有一定作用，不同的白血病患者或同一患者在不同病期白血病細(xì)胞增殖狀況不同，定期了解細(xì)胞增殖情況采取相應(yīng)藥物可以提高療效。

目前臨床除化療藥物治療外還采用造血干細(xì)胞移植技術(shù)治療急性白血病和一些疑難性疾病。FCM通過(guò)對(duì)人白細(xì)胞抗原（HLA）配型的測(cè)定可以為異體干細(xì)胞移植病人選擇出最合適的供體。造血干細(xì)胞移植技術(shù)主要包括干細(xì)胞的鑒別、活性測(cè)定、干細(xì)胞動(dòng)員和采集、分離純化、保存擴(kuò)增、腫瘤細(xì)胞的凈化、干細(xì)胞回輸以及術(shù)后保持移植物抗宿主病的低發(fā)生率等一系列過(guò)程。FCM測(cè)定CD34、HLA-DR、CD33等細(xì)胞表面標(biāo)志物，成為干細(xì)胞移植技術(shù)重要的監(jiān)測(cè)手段。用FCM檢測(cè)一系列指標(biāo)觀察病人的恢復(fù)狀態(tài)，可以對(duì)預(yù)后做出早期的判斷。醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)

（2）其它種類血液病的診斷和治療監(jiān)測(cè)：陣發(fā)性睡眠性血紅蛋白尿癥是一種造血干細(xì)胞克隆病，細(xì)胞CD55、CD59抗原表達(dá)減低是該病的一個(gè)特點(diǎn)。該抗原屬于血細(xì)胞表面磷脂酰肌醇錨連蛋白家族，是重要的補(bǔ)體調(diào)節(jié)蛋白，它通過(guò)與補(bǔ)體C8、C9的結(jié)合以阻止補(bǔ)體膜攻擊復(fù)合物的形成，從而抑制細(xì)胞被補(bǔ)體激活溶解。FCM采用熒光標(biāo)記的單克隆抗體對(duì)血細(xì)胞CD59的表達(dá)做定量分析，可以協(xié)助臨床做出診斷并判斷疾病的嚴(yán)重程度。

（3）網(wǎng)織紅細(xì)胞的測(cè)定及臨床應(yīng)用：網(wǎng)織紅細(xì)胞計(jì)數(shù)是反映骨髓造血功能的重要指標(biāo)，醫(yī)學(xué)|教育網(wǎng)FCM通過(guò)某些熒光染料（吖啶橙、噻唑橙等）與紅細(xì)胞中RNA結(jié)合，定量測(cè)定網(wǎng)織紅細(xì)胞中RNA，得到網(wǎng)織紅細(xì)胞占成熟紅細(xì)胞的百分比。有作者報(bào)道FCM方法比目測(cè)法結(jié)果精確度更高。此外FCM還可以測(cè)量出網(wǎng)織紅細(xì)胞的成熟度，對(duì)紅細(xì)胞增殖能力的判斷很有意義。為干細(xì)胞移植術(shù)后恢復(fù)的判斷、貧血的治療監(jiān)測(cè)、腫瘤病人放化療對(duì)骨髓的抑制狀況等提供了依據(jù)。