不同的HIV-1亞型在編碼包膜蛋白的env基因的高度變異致使其包膜蛋白氨基酸序列改變，從而導(dǎo)致病毒對(duì)免疫攻擊的敏感性改變使其能逃脫免疫系統(tǒng)的監(jiān)視。Henderson等人根據(jù)對(duì)百余種不同株型的HIV-1gp120的一級(jí)結(jié)構(gòu)的分析發(fā)現(xiàn)，它的V3環(huán)36個(gè)氨基酸殘基中，只有在環(huán)基底部的2個(gè)半胱氨酸的殘基及附近的氨基酸殘基和頂部的GPG保持不變，其它部分則變異很大。有研究表明不同地區(qū)分離得到HIV-1毒株間的gp160蛋白氨基酸序列有20%以上的變異率，不同亞型遺傳及血清學(xué)上反應(yīng)存在明顯差異。1995年泰國(guó)發(fā)現(xiàn)2名HIV-1B亞型與E亞型合并感染者，這一發(fā)現(xiàn)提示，一種HIV毒株激發(fā)機(jī)體產(chǎn)生的抗病毒免疫不能保護(hù)機(jī)體免受其它毒株侵襲，事實(shí)上，基于B亞型的侯選疫苗的人體實(shí)驗(yàn)也發(fā)現(xiàn)其產(chǎn)生的抗血清醫(yī)學(xué)`教育網(wǎng)搜集整理很少能對(duì)其它亞型的HIV毒株有中和作用，細(xì)胞免疫方面的研究結(jié)果也表明，細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞反應(yīng)也具有型特異性，因此，盡管有些證據(jù)表明存在亞型間的交叉中和抗體決定簇和交叉的細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞反應(yīng)，但現(xiàn)有的任何候選疫苗是否能在接種者體內(nèi)誘發(fā)這些交叉中和抗體的產(chǎn)生都還未得到肯定的證實(shí)，因此，用針對(duì)單一毒株或亞型的HIV疫苗期望能用于預(yù)防其它各種亞型的HIV-1感染是不現(xiàn)實(shí)的。