古菌（Archaea）又稱古細(xì)菌、太古菌或太古生物，是原核生物中的一大類。它們既與細(xì)菌（真細(xì)菌）有很多相似之處，同時另一些特征相似于真核生物。

　　“古細(xì)菌”這個概念是1977年由卡爾。沃斯和George Fox提出的，原因是它們在16SrRNA的系統(tǒng)發(fā)生樹上和其它原核生物的區(qū)別。這兩組原核生物起初被定為古細(xì)菌（Archaebacteria）和真細(xì)菌（Eubacteria）兩個界或亞界。Woese認(rèn)為它們是兩支根本不同的生物，于是重新命名其為古菌（Archaea）和細(xì)菌（Bacteria），這兩支和真核生物（Eukarya）一起構(gòu)成了生物的三域系統(tǒng)醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理。

　　在細(xì)胞結(jié)構(gòu)和代謝上，古菌在很多方面接近其它原核生物。然而在基因轉(zhuǎn)錄和翻譯 （遺傳學(xué)）這兩個分子生物學(xué)的中心過程上，它們并不明顯表現(xiàn)出細(xì)菌的特征，反而非常接近真核生物。比如，古菌的轉(zhuǎn)譯使用真核的啟動和延伸因子，且轉(zhuǎn)譯過程需要真核生物中的TATA框結(jié)合蛋白和TFIIB.

　　古菌還具有一些其它特征。與大多數(shù)細(xì)菌不同，它們只有一層細(xì)胞膜而缺少肽聚糖細(xì)胞壁。而且，絕大多數(shù)細(xì)菌和真核生物的細(xì)胞膜中的脂類主要由甘油酯組成，而古菌的膜脂由甘油醚構(gòu)成。這些區(qū)別也許是對超高溫環(huán)境的適應(yīng)。古菌鞭毛的成分和形成過程也與細(xì)菌不同。