由于中藥有效成分類型不同，性質各異，所以選擇色譜條件是不同的。

　　一般生物堿的分離可用硅膠或氧化鋁柱色譜，對于極性較高的生物堿可用分配色譜，而對季銨型水溶性生物堿也可用分配色譜或離子交換色譜。

　　苷類的色譜分離往往決定于苷元的性質，如皂苷、強心苷，一般可用分配色譜或硅膠吸附色譜。

　　揮發(fā)油、甾體、萜類包括萜類內酯，往往首選氧化鋁及硅膠色譜。

　　黃酮類化合物、鞣質等多元酚衍生物可用聚酰胺吸附色譜。

　　有機酸、氨基酸一般可選用離子交換色譜，有時也用分配色譜。醫(yī)學教|育網|收集整理有些氨基酸也可用活性炭吸附色譜。

　　對于大分子化合物，如多肽、蛋白質、多糖，常用凝膠色譜。

　　總的來說，對非極性成分往往考慮用氧化鋁或硅膠吸附色譜；若極性較大則采用分配色譜或弱吸附劑吸附色譜；對酸性、堿性、兩性成分可采用離子交換色譜，有時也可用吸附色譜及分配色譜等。