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酶提取液中常含有雜蛋白、多糖、脂類及核酸等雜質，可用下述方法去除：

調PH和加熱法：利用蛋白質對酸、堿和熱變性方面性質的差異，可去除非活性雜蛋白。如制備脂肪酶時，在pH3、4時以400C溫度加熱150min，淀粉酶活力可喪失90%而被除去，而脂肪酶活力仍保持80%以上。

蛋白質表面變性法：蛋白質表面變性后其性質有所不同，借以去除雜蛋白。如制備過氧化氫酶時，加入氯仿和乙醇進行振蕩可以將雜蛋白變性而去除。

蛋白質沉淀劑法：利用醋酸鋁、利凡諾、單寧酸、離子型表面活性劑等蛋白質沉淀劑可以去除雜蛋白及粘多糖類雜質。使用時要注意這類試劑?？梢鹈缸冃允Щ?，因此應迅速除去。

選擇性變性法：各種蛋白質對變性劑的穩(wěn)定性不同，可以用選擇性變性劑去除雜蛋白。如細胞色素丙對三氯醋酸較穩(wěn)定，所以在制備時可用2.5%三氯醋酸使其他雜蛋白變性使沉淀除去。

加保護劑熱變性法：酶與底物或競爭性抑制劑結合后，其穩(wěn)定性常顯著增加。所以常用它們?yōu)楸Ｗo劑，再用一些劇烈手段破壞雜蛋白，如用D-甲基苯甲酸為D-氨基酸氧化酶的保護劑，經加熱除去雜蛋白，使該酶得到很好的提純。

核酸沉淀劑法：酶液中的核酸類雜質，可以用氯化錳、魚精蛋白硫酸鹽等沉淀劑使其沉淀而除去。必要時，也可用核糖核酶將核酸降解后除去。

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